​Pseyn toimintaa ohjaa vuosittain valittava hallitus, joka valitaan varsinaisten jäsenten joukosta yhdistyksen vuosikokouksessa.

Tavoitteena hallituksella on kehittää yhdistystä aktiivisesti ja reagoida nopeasti uusiin tilanteisiin; asiakasystävällisesti ja aina eläimen parasta ajatellen.

Hallitus on viime vuosina pyrkinyt voimakkaasti uudistamaan yhdistystä, konkreettisena esimerkkinä ovat yhteistyön rakentaminen muiden eläinsuojeluyhdistysten sekä yritysmaailman kanssa.​